CKDが進行、すなわち腎臓の働きがさらに悪化すると、腎臓が老廃物や毒素を十分に排泄できなくなっていきます。水分や電解質（ナトリウム、カリウム、カルシウム、リンなど）の調整にも支障がでて、体の恒常性を保つ働きやホルモン分泌も乱れます。

こうした腎機能の大きな低下により引き起こされる全身の臓器や機能の障害や変化が「尿毒症」で、むくみやだるさ、息苦しさなどさまざまな症状としてあらわれます。尿毒症を引き起こす物質は「尿毒症毒素」と呼ばれ、本来であれば尿として排泄されるはずであった老廃物です。CKDが進行した患者さんでは、この尿毒症毒素を吸着薬で体外に排泄させる治療が行われることもあります。

また、腎臓の働きが悪化したときにとくに注意や管理が必要になるのが、腎性貧血や骨ミネラル代謝異常などです。腎臓は、赤血球を作る働きを促進するホルモン（エリスロポエチン）を産生します。腎臓の働きが低下すると、このホルモンの分泌が減り、「腎性貧血」が起こります。また、腎臓の働きが低下すると、骨に関わる電解質であるリンの排泄が低下し、骨やカルシウムを調節するビタミンDの活性化も障害されます。この結果、骨がもろくなるとともに、カルシウムやリンなどの電解質バランスが崩れて様々な問題が起こり、このような病態は「骨ミネラル代謝異常症」と呼ばれています。